Основным принципом осуществления закупок является максимальная экономия и эффективность, поэтому часто главным критерием оценки тендерных предложений выступает цена. В основе работы всех диагностических наборов, предназначенных для ПЛР-диагностики COVID-19, лежит детекция РНК вируса SARS-CoV-2. В то же время, они могут отличаться характеристиками, которые будут иметь существенное значение для вашей лаборатории. В этом материале рассмотрим, на какие критерии и особенности следует обратить внимание при выборе ПЦР-тест-системы.

Совместимость с ПЦР-оборудованием

Амплификаторы, которые используются в лаборатории, должны быть совместимыми с диагностическими наборами по параметрам количества и чувствительности каналов детекции, а также по температурным условиям. Производители диагностических наборов указывают в инструкции информацию о торговых марках и моделях оборудования для ПЦР, под работу с которыми адаптирована тест-система. Меньшее количество каналов детекции или отсутствие определенных красителей делает невозможным использование некоторых наборов реагентов. Слабая чувствительность приборов по определенным флуоресцентным каналам может приводить к ошибочным результатам исследований.

Совместимость с наборами для выделения нуклеиновых кислот

Некоторые производители диагностических наборов указывают обязательным условием использование набора для экстракции РНК из биологического материала собственной торговой марки. Отсутствие заменителей, в свою очередь, ставит лабораторию-заказчика в зависимость от наличия, цены, сроков и условий поставки продукции. Если инструкцией разрешается применить любые коммерческие наборы для выделения РНК, вероятность того, что вам придется столкнуться с проблемой дефицита на рынке значительно ниже.

Качество изготовления

Наборы реагентов должны соответствовать Техническому регламенту о медицинских изделиях для диагностики in vitro (постановление КМУ №754 от 2 октября 2013 года). Каждая изготовленная партия имеет сертификат качества, подтверждающий ее соответствие нормативным документам.

Обращайте внимание на наличие сертификации производителя диагностических наборов согласно ISO 13485:2016. Сертификаты гарантируют соблюдение заявленных стандартов по изготовлению продукции независимо от изменения внешних или внутренних условий. Стоит также уточнять у производителя информацию о стране происхождения реагентов.

Удобство и простота работы с набором

Диагностические наборы могут иметь одно- или двухстадийный формат. Одностадийный формат предусматривает проведение обратной транскрипции и ПЦР в одной реакционной смеси. Это способствует существенному снижению вероятности ошибок лаборанта и сводит к минимуму возможность кросс-контаминации. При использовании двухстадийного формата, реакции обратной транскрипции и ПЦР проходят в двух отдельных емкостях, и обычно, это требует больше времени. Стоит обратить внимание, что компоненты для постановки реакции обратной транскрипции могут не входить в диагностический набор, и их потребуется закупать отдельно у других производителей.

Праймеры, зонды, ферменты, полимераза, буферы и другие компоненты диагностического набора могут содержаться в разном количестве емкостей. Использование протоколов, при которых нужно смешать содержимое всего двух пробирок и добавить смесь к исследуемому образцу, снижает вероятность ошибки лаборанта, позволяет не тратить время на дополнительные процедуры и требует меньше расходных материалов.

Время амплификации и полного проведения процедуры

Процесс амплификации при использовании наборов одностадийного формата занимает 40-60 минут, двухстадийного — до 90 минут. Хотя разница якобы и небольшая, эти полчаса могут играть значительную роль в условиях усиленной загруженности. Время амплификации также будет зависеть от приборов, используемых в вашей лаборатории. Общее время проведения исследования с использованием наборов доступных ценовых категорий может составлять от 2,5 до 4 часов.

Чувствительность и специфичность

Аналитическая чувствительность или предел детектирования — это минимальное количество копий специфической РНК/ДНК, которое набор обнаруживает в 100% тестирований. В большинстве наборов предел детектирования составляет около 10-100 копий на реакцию.

Диагностическая специфичность — это способность набора дифференцировать РНК вируса SARS-CoV-2 от РНК/ДНК других инфекционных агентов. Большинство производителей указывает специфичность на уровне 99-100%.

Перед принятием решения об использовании наборов, лаборатории следует осуществить процедуру верификации путем сравнительных испытаний с собственной панелью референтных образцов и других коммерческих наборов.

Количество генов-мишеней

Для разработки диагностических наборов ВОЗ рекомендует висококонсервативные последовательности нуклеотидов, то есть такие, которые с наименьшей вероятностью могут подвергнуться мутациям. Использование производителем двух или трех таких генов-мишеней также уменьшает вероятность получения ложноотрицательных результатов.

Контрольные образцы

Обычно диагностические наборы содержат положительный и отрицательный контрольные образцы. Задачей положительного контроля является установление работоспособности реагентов, входящих в состав набора, на всех стадиях реакции. Отрицательный контроль необходим для проверки компонентов реакции на отсутствие среди них специфических и неспецифических молекул ДНК/РНК, которые могли попасть из внешней среды.

Для удобства детекции и контроля эффективности амплификации набор может включать еще и внутренние контрольные образцы, которые могут быть двух видов — экзогенные и эндогенные. Экзогенный внутренний контроль — это искусственно сконструированный препарат ДНК или РНК; он добавляется на этапе экстракции нуклеиновых кислот и в процессе амплификации указывает на возможные ингибиторы реакции. В качестве эндогенного внутреннего контроля используется фрагмент генома человека, который защищен от воздействия нуклеаз. Вместе с мишенями он проходит все этапы лабораторного исследования и дает собственный флуоресцентный сигнал. Если клинический материал неправильно собрали или хранили, тест, содержащий эндогенный внутренний контроль, это покажет.

Наличие программного обеспечения

С целью упрощения и ускорения этапа интерпретации результатов некоторые производители диагностических наборов реагентов разрабатывают специальное программное обеспечение. Обычно, оно позволяет анализировать в автоматическом режиме графики кривых по каждому отдельному исследованию и создавать информационные отчеты о серии экспериментов.

Сроки и условия хранения

Большинство наборов имеют срок годности 6-12 месяцев при температуре минус 20° С. Реже ПЦР-тест-системы могут транспортироваться и храниться в температурном режиме от +2 до +8° C. В случае, когда компоненты набора содержатся в 3-6 пробирках, реагенты могут храниться при различных температурах, что может создавать дополнительные сложности для лаборанта.

Техническая поддержка

В условиях значительной загруженности лабораторий, важны удобство и доступность взаимодействия с производителем диагностических наборов или дилером, осуществляющим техническую поддержку. Выбирая тест-системы, обращайте внимание на наличие «горячей линии», возможности консультации по телефону или электронной почте, опции провести инструктаж на рабочих местах. Проблемы с технической поддержкой могут привести к нескольким дням простоя лаборатории.

Вывод

Цена, несомненно, является важным критерием выбора диагностических наборов для выявления РНК SARS-CoV-2. Однако, в условиях пандемии, когда лаборатории работают на предельной мощности, важными становятся такие факторы, как экономия времени, снижение вероятностей ошибок лаборанта и получения сомнительных результатов исследования, уменьшение количества расходных материалов. Оптимально подобранный диагностический набор может помочь в решении всех этих задач.