Новые разновидности SARS-CoV-2 обнаруживают по всему миру почти каждый день. С января 2020 исследователи разместили информацию о более чем 450 000 геномов коронавируса на платформе обмена научными данными под названием GISAID. Эти почти полмиллиона вариантов отличаются друг от друга относительно небольшим количеством точечных изменений — количество различий обычно не превышает 30 на почти 30 000 нуклеотидов.

Источник: https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-981-15-4814-7_3

В РНК-вирусов, к которым относится возбудитель COVID-19, генетический материал может копироваться неправильно, образуя так называемые мутации. Генетические ошибки также могут возникать из-за взаимодействия с другими вирусами, которые атакуют ту же клетку, или в рамках ответа иммунной системы человека.

Большинство мутаций вируса не имеют существенного диагностического значения и не сохраняются в популяции, однако некоторые новые разновидности SARS-CoV-2 получают распространение и вызывают беспокойство у мировых экспертов отрасли здравоохранения, а именно:

Вариант Великобритании или «Кент» (известный как 20I / 501Y.V1, VOC 202012/01 или B.1.1.7) появился в сентябре 2020 года на юго-востоке Англии. Он быстро стал доминирующим в Соединенном Королевстве, а также распространился в 114 других странах.
Вариант Южной Африки (известный как 20H / 501Y.V2, VOC-202012/02 или B.1.351). Впервые обнаружен в октябре 2020 года, и с тех пор распространился в 68 странах.
Вариант Бразилии (также известный как 20J / 501Y.V2, VOC-202101/02 или P.1) впервые обнаружен у четырех путешественников в Японию в декабре 2020 года. Эта разновидность идентифицирована в 37 странах.

Все эти три версии SARS-CoV-2 изменились в своем шиповидном белке S — той части вируса, которая отвечает за его прикрепление к клетке человека. Белок S также является основной мишенью иммунной системы, и, соответственно, частью, на которую нацелено большинство вакцин. Именно этот раздел генома служит ключевой областью для мониторинга мутаций. В результате полученных генетических изменений такие варианты коронавируса могут распространяться быстрее, а некоторые, по мнению специалистов, способны увеличивать риск реинфицирования.

Источник: https://www.biophysics.org/blog/coronavirus-structure-vaccine-and-therapy-development

Во время проведения ПЦР-теста для выявления SARS-CoV-2 могут возникнуть ложноотрицательные результаты, если имеющийся в образце пациента вариант содержит мутацию в той части генома вируса, на которую направлен тест. Поэтому мутации в британском, южноафриканском и бразильском вариантах могут влиять на эффективность некоторых наборов для проведения ПЦР-анализа с целевым геном S.

Всемирная организация здравоохранения также рекомендует лабораториям использовать диагностические наборы, которые используют несколько генетических мишеней. Они менее восприимчивы к последствиям мутаций вируса чем те, которые нацелены только на одну область генома SARS-CoV-2.

Диагностические наборы для выявления SARS-CoV-2 производства «Биокор Текнолоджи» имеют многоцелевой дизайн (ORF1ab, N-ген). Для определения потенциального воздействия известных мутаций компания проводит периодическое оценивание своей продукции с помощью компьютерного моделирования (in silico assessment). Сравнительный анализ зоны амплификации наборов производства «Биокор Текнолоджи» с референсным штаммом Wuhan-Hu-1, а также вариантами из Британии (В1.1.7), Южной Африки (В1.351) и Бразилии (В1.1.28) показали отсутствие вариаций нуклеотидов в этом регионе вируса.

То есть, согласно выводам экспериментов in silico, ни одна из мутаций B.1.1.7, B.1.351 и P.1 не влияет на аналитическую чувствительность ПЦР-тестов.

Также обратную связь предоставили и диагностические лаборатории, использующие наборы «Biocore® SARS-CoV-2» и наборы для определения мутантных вариантов коронавируса. Они подтвердили, что диагностикумы от «Биокор Текнолоджи» успешно проявляют те разновидности коронавируса, которые претерпели генетические изменения.

Итак, специалисты лабораторного дела и клиницисты могут быть уверены в максимальной надежности полученных результатов тестирования.