SARS-CoV-2, как и другие представители таксона вирус, постоянно мутирует. Новые разновидности обнаруживают во всем мире почти каждый день. Некоторые варианты могут быть более контагиозными. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) ввела буквенные обозначения для новых опасных штаммов SARS-CoV-2:
- альфа (B.1.1.7, британский)
- бета (B.1.351, южно-африканский)
- гамма (P.1, бразильский)
- дельта (B.1.617, индийский) и так далее.
В мае 2021 в связи с распространением варианта «Дельта» ВОЗ причислила его к вариантам вирусов, «вызывающим беспокойство». Сегодня индийский штамм коронавируса SARS-CoV-2 стремительно распространяется по всему миру. По данным ВОЗ его обнаружили уже в 80 странах мира, больше всего сообщений о зараженных этим видом SARS-CoV-2 поступает из Великобритании, Индии, США, Германии и РФ.
Читайте также: Влияют ли мутации коронавируса на точность ПЦР-тестов?
Этот вариант был впервые обнаружен в Индии в октябре 2020 года. С тех пор исследователи выделили три подтипа, известные как B.1.617.1, B.1.617.2 и B.1.617.3. Каждый из них имеет несколько отличающийся генетический состав. 18 июня 2021 ВОЗ объявила, что «Дельта» становится доминирующим вариантом болезни во всем мире.
Все опасные версии SARS-CoV-2 изменились в своем шиповидном белке S — той части вируса, которая отвечает за прикрепление вируса к клетке человека. Белок S также является основной мишенью иммунной системы, и, соответственно, частью, на которую нацелено большинство вакцин. Именно поэтому участок генома вируса, кодирующего белок S, служит ключевой областью для мониторинга мутаций. В результате полученных генетических изменений новые варианты коронавируса могут несколько быстрее распространяться и увеличивать риск реинфицирования. В индийском варианте коронавируса В.1.617 обнаружены сразу две мутации шиповидного белка — E484Q и L452R. Отдельно каждая из этих мутаций известна уже давно: E484Q схожа с E484K, которая была обнаружена в английском, южноафриканском и бразильском вариантах коронавируса. Мутация L452R обнаружена в калифорнийском варианте CAL.20. C.
Во время проведения ПЦР-теста для выявления SARS-CoV-2 могут возникнуть ложноотрицательные результаты, если имеющийся в образце пациента вариант содержит мутацию в той части генома вируса, на которую направлен тест. Учитывая это ВОЗ рекомендует лабораториям применять диагностические наборы, которые используют несколько генетических мишеней. Они менее восприимчивы к последствиям мутаций вируса чем те, которые нацелены только на одну область генома SARS-CoV-2.
Диагностические наборы для выявления SARS-CoV-2 производства «Биокор Текнолоджи» имеют многоцелевой дизайн (ORF1ab, N-ген). Для определения потенциального воздействия известных мутаций компания проводит периодическое оценивания своей продукции с помощью компьютерного моделирования (in silico assessment). Сравнительный анализ зоны амплификации наборов производства «Биокор Текнолоджи» с референсным штаммом Wuhan-Hu-1, а также новыми вариантами SARS-CoV-2, «вызывающими обеспокоенность», показали отсутствие вариаций нуклеотидов в этом регионе вируса. Итак, специалисты лабораторного дела и клиницисты могут быть уверены в максимальной надежности полученных результатов тестирования.