Визначення генотипу методом алельної дискримінації дозволяє встановити генотипи зразків автоматично. У приладах CFX та QuantStudio 5 він ґрунтується на аналізі відносної флуоресценції (RFU/∆Rn) між двома каналами (Allele 1 – FAM та Allele 2 – VIC).
Програмування приладу
- Відкрийте QuantStudioTM Design & Analysis Software (посібник базується на версії 1.4.1) і натисніть Create New Experiment (Створити новий експеримент).
- У вкладці Properties оберіть тип експерименту для генотипування (Experiment type: Genotyping). Інші параметри залишаються за замовчуванням (Рис. 1).
- Рисунок 1
- У вкладці Method встановіть об’єм зразка 20 мкл і налаштуйте протокол ампліфікації згідно з інструкцією з використання (ІЗВ) «Biocore® Синдром Жильбера». (Рис. 2).
Рисунок 2
- У вкладці Plate
- Plate – Quick Setup: відключіть функцію пасивного референтного барвника
(Passive Reference – None);
- Plate – Advanced Setup: у полі планшету оберіть потрібні лунки для аналізу та активуйте для них ☑ SNP Assay 1 (Рис. 3).
- Відкоригуйте канали згідно з ІЗВ. Для цього натисніть Action > Edit та оберіть для Allele 1 – FAM, а для Allele 2 – VIC (Рис. 4).
Рисунок 3
Рисунок 3
Рисунок 4
5. Налаштування зразків
Необхідно виділити лунки зі зразками та у вікні Task обрати відповідний тип зразку:
6. Завантажте реакційний планшет / стріпи в прилад QuantStudio 5. Перейдіть у вкладку Run і натисніть START RUN.
Облік результатів
Після запуску або відкриття збереженого експерименту автоматично відображається вкладка із графіком ампліфікації (Amplification Plot). 
Перевірте контрольні зразки візуально. Для цього оберіть лінійний тип шкали та оцініть криві ампліфікації, де у гомозиготних зразках висота флуоресценції одного з каналів вище за інший, тоді як у гетерозиготних обидві криві проходять на однаковому рівні. В негативних контрольних зразках – сигнал ампліфікації за каналами FAM та VIC відсутній (Рис. 5).
Рисунок 5
Увага! Якщо у дослідному зразку відсутній сигнал за каналом FAM та/або VIC – результат вважається невалідним і аналіз необхідно повторити, починаючи з етапу екстракції нуклеїнових кислот.
Для автоматичного обліку результатів програмним забезпеченням перейдіть до вкладки дискримінації алелів (Allelic Discrimination Plot). 
Перевірте правильність контрольних зразків:
- контрольний зразок алель Дикого типу має відповідати точці на осі Allele 2 (синій колір);
- контрольний зразок Мутантний алель відповідає точці на осі Allele 1 (червоний колір);
- контрольний зразок гетерозиготи знаходиться посередині (зелений колір);
- негативний контрольний зразок знаходиться в лівому нижньому куті (чорний колір).
Дослідні зразки відображаються аналогічним чином (Рис. 6).
Рисунок 6
Якщо при автоматичній обробці даних позитивний чи негативний контрольний зразок оцінено некоректно або зразок відображається як «х» – результат невизначений*, то перейдіть у вікно налаштувань в розділі Call settings та виберіть Analyze Real-Time dRn Data → Apply (Рис. 7). 
Рисунок 7
* Можливими причинами невизначеного зразка можуть бути неналежний забір біоматеріалу або помилки під час екстракції нуклеїнових кислот.
Зайдіть в Show Plot Settings та оберіть значення ≥35 циклу (Рис. 8).
- Якщо після внесення змін до налаштувань зразок став визначеним, обов’язково перевірте отриманий результат візуально за кривими ампліфікації у вікні Amplification Plot.
- Якщо після виконаних дій результат досі не відповідає зазначеним вимогам / зразок все ще не визначений, то результат вважається невалідним і потребує повторного проведення.
Рисунок 8
Щоб переглянути таблицю результатів, змініть режим відображення з панелі лунок планшета на вікно з результатами та налаштуйте вигляд таблиці через меню View. 
Пропонуємо ознайомитися з Інструкція з програмування та обробки результатів ПЛР-РЧ для набору діагностичного «Biocore® Синдром Жильбера» для приладу CFX96