Определение генотипа методом аллельной дискриминации позволяет установить генотипы образцов автоматически. В приборах CFX и QuantStudio 5 он основан на анализе относительной флуоресценции (RFU/∆Rn) между двумя каналами (Allele 1 — FAM и Allele 2 — VIC).
Программирование прибора
- Откройте QuantStudioTM Design & Analysis Software (руководство основано на версии 1.4.1) и нажмите Create New Experiment (Создать новый эксперимент).
- Во вкладке Properties выберите тип эксперимента для генотипирования (Experiment type: Genotyping). Остальные параметры остаются по умолчанию (рис. 1).
- Во вкладке Method установите объем образца 20 мкл и настройте протокол амплификации в соответствии с инструкцией по применению (ИПП) «Biocore® Синдром Жильбера». (Рис. 2).
- Во вкладке Plate
- Plate — Quick Setup: отключите функцию пассивного референтного красителя (Passive Reference — None);
- Plate — Advanced Setup: в поле планшета выберите нужные лунки для анализа и активируйте для них ☑ SNP Assay 1 (Рис. 3).
- Отрегулируйте каналы в соответствии с ИЗВ. Для этого нажмите Action > Edit и выберите для Allele 1 — FAM, а для Allele 2 — VIC (рис. 4).
5. Настройка образцов.
Необходимо выделить лунки с образцами и в окне Task выбрать соответствующий тип образца:
6. Загрузите реакционный планшет / стрипы в прибор QuantStudio 5. Перейдите во вкладку Run и нажмите START RUN.
Учет результатов
После запуска или открытия сохраненного эксперимента автоматически отображается вкладка с графиком амплификации (Amplification Plot). 
Проверьте контрольные образцы визуально. Для этого выберите линейный тип шкалы и оцените кривые амплификации, где в гомозиготных образцах высота флуоресценции одного из каналов выше другого, тогда как в гетерозиготных обе кривые проходят на одинаковом уровне. В отрицательных контрольных образцах – сигнал амплификации по каналам FAM и VIC отсутствует (Рис. 5). 
Внимание! Если в исследоваемом образце отсутствует сигнал по каналу FAM и/или VIC — результат считается недействительным и анализ необходимо повторить, начиная с этапа экстракции нуклеиновых кислот.
Для автоматического учета результатов программным обеспечением перейдите на вкладку дискриминации аллелей (Allelic Discrimination Plot).
Проверьте правильность контрольных образцов:
- контрольный образец аллель Дикого типа должен соответствовать точке на оси Allele 2 (синий цвет);
- контрольный образец Мутантный аллель соответствует точке на оси Allele 1 (красный цвет);
- контрольный образец гетерозиготы находится посередине (зеленый цвет);
- отрицательный контрольный образец находится в левом нижнем углу (черный цвет).
Исследовательские образцы отображаются аналогичным образом (рис. 6).
Если при автоматической обработке данных положительный или отрицательный контрольный образец оценен некорректно или образец отображается как «х» – результат неопределен*, то перейдите в окно настроек в разделе Call settings и выберите Analyze Real-Time dRn Data → Apply (Рис. 7) 
* Возможными причинами неопределенного образца могут быть ненадлежащий забор биоматериала или ошибки при экстракции нуклеиновых кислот.
Зайдите в Show Plot Settings и выберите значение ≥35 цикла (рис. 8).
- Если после внесения изменений в настройки образец стал определенным, обязательно проверьте полученный результат визуально по кривым амплификации в окне Amplification Plot.
- Если после выполненных действий результат по-прежнему не соответствует указанным требованиям / образец все еще не определен, то результат считается недействительным и требует повторного проведения.
Чтобы просмотреть таблицу результатов, измените режим отображения с панели лунок планшета на окно с результатами и настройте вид таблицы через меню View.
Предлагаем ознакомиться с Инструкция с программирования и обработки результатов ПЦР-РВ для набора диагностического «Biocore® Синдром Жильбера» для прибора CFX96